依诺肝素钠是由猪肠粘膜提取的肝素钠，经酯化后获得的肝素苄基酯钠衍生物，再通过碱裂解天生的低分子量肝素钠
。结构上，由许多重大的未定性的低聚糖组成
。大部分的低聚糖在糖链的非还原最后具有4-烯醇吡喃糖酸，在糖链的还原最后具有1,6-脱水结构占所有糖的15~25%；
依诺肝素钠的重均分子量在3800~5000之间，分子量＜2000的低聚糖质量百分比在12~20%之间，分子量2000~8000的低聚糖质量百分比在68~82%，按干品计每毫克抗Xa因子的效价在90~125IU，抗Xa与抗IIa的比值在3.3~5.3之间；
依诺肝素钠通过与抗凝血酶III（AT-III）团结，催化灭活凝血因子IIa、Xa、IXa、XIa和XIIa，其中，主要通过抑制Xa施展抗凝作用
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